一、用途

用于病原体特征实验数据的管理，以及病原微生物基因组数据分析，包括病毒、细菌、真菌、支原体/衣原体等微生物的快速鉴定、分型溯源及基因组学研究，通过细菌核心基因组构建系统进化树，可视化分型特征、重点基因特征、时空分布特征和传播特征，自动匹配样本信息综合管理病原体特征实验数据。不限制测序平台，二代、三代测序数据均可自动化分析（包括但不限于BGI、illumina、nanopore、pacbio），全中文操作系统。

二、技术参数

★1.分析软件均提供图形操作界面，无需任何代码编写及参数设置，通过任意选中目标测序数据，点击一个按钮即可完成分析；分析软件兼容性需满足至少二代测序，三代测序平台产生的数据进行分析，支持单样本、多样本测序数据自动化导入分析。

2.具备进行病原菌、病毒的菌毒株基因组测序全流程分析，宏基因组的组装、分箱分析，基于reads的未知病原识别的模块或相关功能。

3.病原菌分析模块（或相关功能）

3.1.提供细菌数据管理及分析流程，支持从原始测序数据开始，一键完成数据质控、基因组拼接、物种鉴定、血清型分型、MLST分型、cgMLST分型、 SNP分析、耐药与毒力基因组注释、移动元件分析及相关耐药毒力基因注释，并根据样品及病原学鉴定结果进行物种溯源，生成可视化监测和预警图形。（提供体现对应内容的操作界面截图）

3.2.病原参比数据库要求550种以上物种，MLST分型支持200种以上物种；cgMLST分型体系支持不少于110种物种(Species)并正式发表，血清型覆盖不少于沙门氏菌、肺炎克雷伯菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、副溶血性弧菌、霍乱弧菌、志贺菌、猪链球菌、流感嗜血杆菌9个物种(Species)。

3.3.支持多组数据同时进行cgMLST、SNP分析时自动构建系统发育进化树，包含至少4种树图可视化方式；进化树图支持自定义可视化显示的内容，以及相关样式的修改，并且能够直接查看进化树上各数据之间的差异基因矩阵，并导出图谱及统计数据；支持360种以上高质量BLAST公共数据库，自动完成本地序列与公共序列的相似性比对，以及进化树分析。

3.4.细菌物种鉴定参考基因组与国家致病菌识别网相同，能批量导出.cpin格式的批量样本加密文件以及.cpin格式的基因组序列加密文件，文件可直接上传到国家致病菌识别网监测网络中。（提供体现对应内容的操作界面截图）

4.宏基因组分析模块（或相关功能）

能实现一步对宏基因组测序数据质控、物种分类、宏基因组序列组装、序列分箱、序列注释（对VF、Pfam、Swissprot、COG、KEGG-KO、CARD等数据库进行功能注释）；可对16S、18S、ITS扩增子测序数据的单样本物种分类，以及多组样本进行微生物多样性和差异化分析。可同时检测≥80000种物种信息条目，信息条目不少于病毒（3万8千种）、细菌及古菌（2万1千）、真菌（2万种）、原虫（2千种）。（提供体现对应内容的操作界面截图）

5.未知病原分析模块（或相关功能）

可以进行未知病原分析鉴定功能，能够排除非感染相关微生物及定植菌，分析结果以细菌、真菌、DNA病毒、RNA病毒、其他病毒、寄生虫进行物种分类，并计算出每个属相对丰度、序列数，以及每个种的序列数、相对丰度、基因组覆盖度，可根据人间感染名录及不同的感染部位，在报告中报出相应的可疑致病微生物；同时基于至少两个数据库注释出耐药基因，至少一个数据库注释出毒力基因；以上分析结果可直接导出excel及word格式报告；将样本信息与病原微生物检出结果结合，自动化统计不同症候群中病原检出率、抗生素检出率、耐药基因变异频率，并自动化识别高危病原物种，可视化图谱包括地图、树图、饼图、桑基图、热图等。（提供体现对应内容的操作界面截图）。

6.病毒分析模块（或相关功能）

支持病毒数据从原始测序数据开始，一步完成测序数据质量控制、基因组数据组装拼接、SNP分析、基因功能注释，并支持不少于 13000种（Species）病毒分析，以及15000种亚种分析；至少6种功能数据库，包括KEGG、uniprot、refseq、genebank、emapper、pfam；根据分析结果及样本等信息自动化生成可视化监测和预警图形。内置以上每种病毒的高质量公共数据库，可在本地服务器完成BLAST比对分析，并构建系统发育进化树。（提供体现对应内容的操作界面截图）。

7.测序数据样本信息集中管理模块（或相关功能）

支持所有病原体测序数据样本信息的集中管理，涵盖样本录入、编辑与删除操作，支持单独查看单个病原体及所有病原体的样本信息。对样本的原始数据、分析报告、结果文件分别进行存档，便于数据的选择性清理;支持测序数据的批量上传，并可与样本信息自动关联；支持所有主流测序仪的下机数据及其压缩格式，自动识别测序策略，并自动生成序列编号;提供多条件筛选功能，支持批量导出样本信息。支持科研项目及课题管理，记录样本衍生数据。（提供体现对应内容的操作界面截图）

8.具备数据的实时监测功能，病原菌、未知病原等病原分析数据可对应地区，从空间、时间方面对不同谱系进行可视化追踪；分析数据同时支持中国地图、省份地图、市级地图可视化方式显示各地区序列数量的实时监测，及各地区排名数据列表；显示可选时间范围内各地区序列数量和亚型构成比；显示各地区序列数量和谱系随时间动态构成比。（提供体现对应内容的操作界面截图）

★9.每个分析模块或系统要求都要有样本数据管理模块，要求支持样本数据的统一维护，包括样本相关基本信息的录入、编辑、删除，并且支持批量样本导入；支持基因组文件的批量导入，包含原始下机数据及组装基因组文件，不限测序平台类型，并与样本信息自动化建立关联关系；根据不同模块筛选条件，批量导出样本基本数据及分析结果信息。（提供体现对应内容的操作界面截图）

10.病原体特征实验数据前处理分析服务器配置不低于CPU:2*CPU（2.1G/18M/12C/24T/120W）、内存：16*64G DDR4 RECC 3200MHZ 2R*4、存储：5*3.84TB企业级固态硬盘/SATA

三、配置

1.病原体特征实验数据前处理分析服务器 一台

2.细菌数据管理及基因组全流程分析系统（或模块） 一套

3.宏基因组多样性和差异化分析系统（或模块） 一套

4.未知病原分析与监测系统（mNGS）（或模块） 一套

5.病毒基因组分析与监测系统（或模块） 一套

6.病原体测序数据样本信息集中管理系统（或模块） 一套

一、用途

用于基因扩增过程中的定性PCR和基因测序过程中的文库构建。

二、技术参数

1.模块规格：配备0.2ml*96铝合金模块，且具备更换模块功能，支持至少0.2ml*96模块、384模块、原位模块和平板模块

★2.有效孔位：96孔（单管，8连管，12连管，无裙板，半裙板）

3.温度准确度：≦±0.1℃

4.模块控温精度：≦±0.1℃

5.模块温度均匀性：≦±0.3℃ @55℃

6.最大升温速率：≥5℃/s

7.最大降温速率：≥5℃/s

8.模块控温技术：不少于3路Peltier独立控温+分布式模块温度补偿

9.模块温度控制模式：管子（试剂ul设置）/ 模块

★10.模块温度设置范围不小于：0-105℃

11.热盖温度设置范围不小于：30-105℃，ON/OFF（热盖可开启和关闭）

12.具有智能热盖设置功能，可根据程序自动设定热盖温度

★13.温度梯度功能/范围/跨度：不少于12列梯度/30-99℃/1-42℃，只需设置最左、最右列温度，其他列温度自动计算赋予

14.具有升降温速率设定功能，不少于0.1-3.5℃/s范围可调,等速率变温

15.具有最近运行文件列表

16.具有USB接口，用户文件一键导入/导出，台间程序交换便捷；U盘软件升级

17.显示屏：不小于7寸触摸屏

18.运行状态显示，包括但不限于动态温色背景、动画运行状态、呼吸灯指示、蜂鸣提示

19.多种界面可切换，包括但不限于简单主界面、程序运行界面、动态曲线界面、工程界面

20.具有智能抑制非特异性扩增功能，程序运行等待热盖恒温过程中模块可满足10℃恒温

21.具有智能试剂温度控制功能，根据设定的反应体系容量进行精准控温

22.压盖自适应试管，试管高度自适应（高管、矮管、平顶管、圆顶管等全适应）

23.具有梯度温度同时到达功能

24.具有开机智能自检功能

25.具有故障自诊断及报告功能

26.具有运行结束冷藏功能，最低可设定0℃冷藏温度

27.具有总时间/剩余时间预估功能，并图像化显示

28.具有制冷片寿命预警功能

29.具有屏幕触摸点校准功能。

三、配置

多聚酶链式反应扩增仪 一台

一、用途

设备利用饱和压力蒸汽对物品进行迅速而可靠的消毒灭菌，用于培养基制备过程中的灭菌处理，及感染性废弃物灭菌处理